一支由60多位科學家組成的國際團隊2015年9月4日公佈咖啡基因組定序，表示基因組定序有助培育更為耐旱、抗病的咖啡品種，並且增進咖啡風味。
法國“研發研究所”研究員拉謝梅說，這項發現“向改良咖啡邁出可觀的一步”。報告4日刊登於《科學》期刊，並且將在哥倫比亞下週舉行的第25屆“國際咖啡會議”提出。
根據估計，今天全球每天喝掉大約22億5000萬杯咖啡。國際咖啡組織統計，咖啡產業在52國僱用2600萬人，咖啡出口值在2013年達到154億美元(台幣4620億元)。
咖啡樹很容易得銹葉病(即焦葉病)，此病目前肆虐中美洲大概一半咖啡樹，是1976年爆發以來最嚴重的疫情。
國際團隊這次定序的是科學上說的中果(或中粒)咖啡(Coffea canehpora)，亦即一般稱的羅布斯塔咖啡(robusta coffee)。這種咖啡佔全球咖啡產量約30%。另一種咖啡是阿拉比卡咖啡(arabica offee)，咖啡因含量也低於中果咖啡。
研究報告共同撰述、水牛城大學生物學系教授艾伯特說，將咖啡基因組定序，有助我們了解，咖啡使我們早晨來勁，其玄機何在。小組發現，咖啡裡“N-咖啡酸甲基轉移酶”含量特高，這是咖啡因的重要成分。咖啡中咖啡因的發展，又有異於茶、巧克力咖啡因的發展，三者的咖啡因位於基因組裡不同區位的基因之中。
另一重大差別是，咖啡在演化過程中突變，不但咖啡豆裡有咖啡因，咖啡樹葉里咖啡因更多。艾伯特說，結果有益咖啡樹，因為害蟲由於不喜歡咖啡因而不啃咖啡葉，傳粉昆蟲，例如蜜蜂，則一再回頭碰咖啡葉，“就像我們對咖啡百喝不厭”。
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